[뉴스토마토 조용훈 기자] 정부가 올해부터 연구·인력개발비(R&D) 세액공제 적정 여부를 사전에 확인해주는 제도를 시행한다. 이를 통해 기업이 수행한 연구·인력개발 활동이 세법에서 규정한 연구·인력개발 요건에 맞는지와 지출한 비용이 세액공제를 적용받을 수 있는지를 사전에 안내해준다. 

 

국세청은 이달부터 연구·인력개발비(R&D) 세액공제 적정 여부를 사전에 확인해주는 제도를 시행한다고 13일 밝혔다.

 

연구·인력개발비 세액공제는 과학적 진전, 새로운 서비스 개발, 임직원 교육을 위해 연구소를 운영하거나 타기관과 공동연구하면서 인건비·재료비 등을 지출한 경우 당해 과세연도의 법인세(소득세)에서 공제 대상 금액을 차감하는 조세지원 제도다.

 

연구·인력개발비 세액공제는 기업 입장에서 조세 절감 효과가 크지만 세액공제 해당여부나 공제 가능 금액에 대해서는 과세관청과 납세자 간 이견이 많은 항목 중 하나다. 실제 세무조사에서도 세액공제가 잘못된 것으로 확인되면 수년간 공제받은 금액에 가산세까지 포함해 추징되는 사례가 발생해 납세자에게 큰 부담이 되기도 한다.

 

연도별 연구·인력개발비 세액공제 규모는 지난 2016년 2조315억원(기업수 2만5214개)에서 2017년 2조2272억원(2만8142개), 2018년 2조2998(3만353개)으로 해마다 늘고 있다.

 

연구·인력개발비 세액공제 사전심사를 희망하는 내국법인과 거주자는 법인세(소득세) 과세표준 신고 전까지 홈택스, 우편, 방문접수를 통해 신청하면 된다. 국세청 관계자는 "이미 지출한 비용뿐 아니라 지출 예정비용에 대해서도 사전심사를 신청할 수 있다"고 설명했다.

 

심사는 서면심사가 원칙으로 신청인이 사전심사 결과에 따라 법인세(소득세)를 신고한 경우 신고내용 확인 대상에서 제외되고, 또 심사 결과와 다르게 과세 처분된 경우 과소신고가산세가 면제된다. 다만 심사과정에서 부정확한 서류를 제출하거나, 사실관계의 변경·누락 및 탈루혐의가 있는 경우는 제외된다.

 

국세청은 우선 임시조직(TF)으로 심사팀을 구성해 운영하고 기술적인 검토는 외부전문가를 활용해 진행할 예정이다. 향후 사전심사 신청자가 많을 경우 상설조직으로 확대개편할 계획이다.

 

 

 

 

세종=조용훈 기자 joyonghun@etomato.com