[뉴스토마토 박진아기자] 의료기관이 제약사에 제공하는 임상시험용역에 대해 부가가치세가 과세된다. 다만 과세시기는 소급 적용하지 않고, 유권해석일인 지난 3월17일 이후 분부터 적용된다.
기획재정부는 13일 국세예규심사위원회를 열고 그간 논란을 빚었던 '임상실험용역 부가가치세 과세'에 대해 이같이 결정했다고 밝혔다.
앞서 기재부는 임상시험용역의 부가세 과세 여부에 대한 국세청의 질의를 받고 관련 법령규정을 검토한 결과 과세 대상에 해당하는 것으로 지난 3월17일 유권해석을 내린 바 있다.
기재부는 "임상시험용역은 면세대상인 '환자에 대한 진료·치료용역'이라기보다는 '의약품 안전성 검사 등을 목적으로 정형화된 실험·측정방법에 따라 제약사에게 공급하는 시험용역'으로 영국 등 여러 국가에서 과세하고 있는 점 등을 감안했다"고 설명했다.
하지만 기재부는 그간 병원 등 의료기관이 임상시험용역을 계속 면세로 신고해 왔고, 과세관청에서도 한번도 과세가 이뤄진 사례가 없는 점을 감안해 과세시기를 유권해석일 이후 최초로 임상시험용역 계약을 체결하는 분부터 과세토록 결정했다.
다만 기재부는 임상시험 부가세 과세에 따른 세부담 증가에 대해서는 선을 그었다.
기재부 관계자는 "의료기관 및 제약사의 세부담이 증가하는 것은 아니다"며 "과세시 의료기관은 제약사로부터 부가세 포함된 대금을 받아 부가세를 납부하며, 제약사도 의료기관에 지급한 부가세 매입세액으로 공제받을 수 있다"고 밝혔다.