삼성은 삼성바이오의 분식회계 논란이 이 부회장의 상고심 등에 영향을 줄 것이란 일각의 시각에 예민하게 반응했다. 삼성전자 고위 관계자는 "두 사안을 연결 짓는 것은 전후관계 자체를 잘못 보고 있는 것"이라며 "특검에서도 이미 조사가 끝난 내용"이라고 말했다. 익명을 요구한 재계 관계자 역시 "1심에서 쟁점이 됐던 부분도 삼성이 정유라씨에 말을 준 것인지, 빌려준 것인지에 대한 판단"이라며 "그 대가로 무엇을 얻었는가에 대해 '경영권 승계'로 통합적으로 봤지, 세부 사안을 따지지는 않았다"고 설명했다. 이어 "분식 이슈가 재판 결과에 영향을 주려면 특검이 공소장을 다시 바꿔야 하는데 대법원에서 그게 가능하겠느냐"며 "재판에 미치는 영향은 크지 않아 보인다"고 판단했다.

 

반면 정의당과 참여연대 등은 삼성바이오 분식회계가 삼성물산과 제일모직의 합병 과정에서 상대적으로 제일모직의 가치를 높여주기 위해 의도적으로 이뤄졌다고 주장한다. 주식 교환비율은 제일모직 1, 삼성물산 0.35로, 삼성물산의 가치가 현저하게 저평가됐다는 것이 이들의 주장이다. 미국계 헤지펀드 엘리엇의 주장과 동일하다. 이 부회장은 에버랜드(훗날 제일모직) 상장과 삼성물산 합병을 통해 삼성전자를 비롯한 그룹 지배력을 크게 높였다. 합병 당시 이 부회장은 제일모직 지분 23.2%를 갖고 있었지만 삼성물산 주식은 한 주도 없었다. 현재 이 부회장의 삼성물산 지분율은 17.08%다. 삼성물산은 삼성의 지주사로 가장 유력했다.