[뉴스토마토 최기철기자] 결손금 발생으로 이미 환금받은 법인세를 결손금 소급공제 대상이 아니라는 이유로 다시 반환토록 새로 규정하면서 법 시행 이전의 결손금도 반환토록한 법인세법 해당조항은 위헌이라는 헌법재판소 결정이 나왔다.

 

헌법재판소 전원재판부는 24일 A사가 "환급세액을 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로 징수하는 것을 2008년 12월26일 시행후 최초로 징수하는 환급세액부터 적용하도록 한 법인세법 부칙 9조는 위헌"이라며 낸 헌법소원심판 사건에서 재판관 전원의 일치된 의견으로 위헌 결정했다.

 

이로써 환급세액 소급적용을 규정한 법인세법 부칙 9조는 효력을 잃게됐다. 이에 따라 A사는 승소판결이 확정된 뒤 세무당국을 상대로 반환한 세액을 되돌려 받을 수 있게 됐다.

 

또 이미 세액을 반환한 뒤 A사와 같은 취지로 소송을 냈으나 패소가 확정된 기업들도 재심을 청구해 반환세액을 다시 환급받을 수 있게될 전망이다.

 

재판부는 결정문에서 "해당조항은 개정 후 법인세법의 시행 이전에 결손금 소급공제 대상 중소기업이 아닌 법인이 결손금 소급공제로 법인세를 환급받은 경우에도 개정조항을 적용할 수 있도록 규정하고 있다"며 "이는 이미 종결한 과세요건사실에 소급해 적용하게 하는 것으로 진정소급입법에 해당해 위헌"이라고 밝혔다.

 

이어 "법인세를 부당 환급받은 법인은 소급입법을 통해 이자상당액을 포함한 조세채무를 부담할 것이라고 예상할 수 없었고, 환급세액과 이자상당액을 법인세로서 납부하지 않을 것이라고 가진 신뢰는 보호할 필요가 있다"며 "이를 무시하고 진정소급입법을 해야할 만한 중대한 공익상의 이유가 있는 것도 아니다"고 판시했다.

 

A사는 2003년부터 3년간 수원 팔달구에 오피스텔 건물을 신축해 분양했는데 2007 사업연도에 32억원이 넘는 결손이 발생했다. A사는 이에 결손금 소급공제에 의한 환급으로 2006 사업연도에 납부한 법인세 환급을 신청해 4억300여만원을 환급받았다

 

그러나 수원세무서장은 2009년 11월 A사가 건설업이 아닌 부동산 공급업을 주된 사업으로 하고 있어 결손금 소급공제 대상인 중소기업에 해당하지 않는다며 환급받은 법인세액에 이자상당액을 더한 4억700만원을 법인세로 징수처분했다.

 

2008년 12월26일 법인세법이 개정되면서 법 시행후 최초로 징수하는 환급세액부터 적용하도록 정한 부칙 9조가 근거가 됐다. 

 

이에 A사는 법원에 법인세 부과처분에 대한 취소청구소송을 냄과 동시에 과세 근거가 된 법인세법 72조 5항과 부칙 9조가 헌법상 소급과세금지 원칙 위반으로 위헌이라며 위헌법률심판 제청을 신청했으나 기각되자 헌법소원심판을 청구했다.