윤 총장으로서는 당장 검찰내부로부터의 반발에 직면하게 됐다. 지난 3일 전국 검사장들이 확인한 추 장관의 수사지휘에 대한 의견은 '위법한 지시'였다. 검사들의 의견도 대부분 같았다. 윤 총장으로서는 수사지휘권 발동의 '형성적 효력'을 존중했든 추 장관의 제파식 압박에 무릎을 꿇었든 '위법한 수사지휘'를 받아들인 검찰총장이 됐다. 리더십에 결정적 타격을 입게 된 것이다. 서울지역에서 근무하는 한 평검사는 "이러려고 전국 검사장들까지 소집해 의견을 들었느냐"고 분개했다. 

 

윤 총장이 이번 전례를 남기면서 법무부장관의 수사지휘권은 앞으로 더 자주 발동될 것이라는 우려가 나온다. 한 현직 중견 검사는 "정치와 권력으로부터 수사의 독립성과 중립성을 보호해 온 최소한의 벽이 붕괴됐다"고 우려했다. 

 

 

윤 총장은 이번 사태를 끝내면서 '2013년 국정원 사건 수사지휘 배제'를 언급했다. 추 장관의 수사지휘권 발동이 검찰청법을 위반해 위법하다는 주장을 에둘러 밝힌 것이다. 윤 총장은 당시 사건으로 위법·부당한 수사지휘에 반발한 결기 있는 인물로 부상했다.  

윤 총장은 당시 '국정원 대선개입 의혹 사건' 특별수사팀장을 맡아 수사를 지휘했다. 수사팀은 대선에 개입한 국가정보원 직원들에 대한 구속수사 방침을 세우고 이를 수사지휘권자인 조영곤 서울중앙지검장에게 보고했다. 그러나 조 지검장은 이를 거부하고 수사지휘권을 행사해 윤 총장을 수사팀에서 배제했다. '수사개입, 위법 지시' 논란에 휩싸인 조 지검장은 "나를 감찰하라"고 대검에 요청해 감찰까지 받았다. 당시 대검 감찰본부는 지시불이행을 이유로 윤 총장을 징계했지만 조 지검장에 대해서는 '과실 없음'으로 결론내고 문제 삼지 않았다. 그러나 조 지검장은 대검의 감찰결과 발표 당일 사퇴했다.  

 

 

그러나 이번 일로 그 빛이 바랬다는 평가가 많다. 지방에 근무하는 한 부장검사는 "2005년 김종빈 총장 처럼 사퇴함으로써 소신을 지켰어야 한다"고 했다. 다른 지방지역 검찰청에 소속된 한 평검사는 "검사의 표상이 사라진 것 같다. 임기를 채우는 것이 윤 총장의 목적이 아닌가 생각된다. 실망스럽다"고 했다.